Soto de Cerrato se sitúa en una zona prácticamente llana en la orilla oriental del  valle del Pisuerga, a medio camino entre Reinoso y Tariego de Cerrato, y vinculado al puente sobre el río ya en el término municipal de Venta de Baños, ya que el propio Pisuerga hace las veces de límite del municipio.Tres son las carreteras que confluyen en el núcleo: la primera llega procedente de Palencia después de cruzar el Pisuerga, la segunda conduce a Valle de Cerrato, tras subir al páramo y atravesar pequeños valles, y la tercera recorre la vega del Pisuerga y se dirige a Reinoso de Cerrato, al NE.